Un cinéma qu’il vénère plus que tout, et qu’il préfère expérimental, inventif et spontané. Une façon de voir les choses qui épouse la philosophie des artistes de la Beat Generation, dont il apprécie la célébration des « petites joies de tous les jours ».
« Cet intérêt pour les petites choses, pour ces choses qui n’avaient rien d’extraordinaire, simplement des sentiments, […], tout cela était complètement négligé par le cinéma ». Le cinéma qui intéresse Jonas Mekas, celui qu’il contribue à réaliser en tant que réalisateur et dont il fait activement la promotion, est donc aux antipodes du classicisme hollywoodien.
Ce que Jonas Mekas aime, ce qu’il recherche, c’est le réel, dans toute sa dimension : « Si quelque chose était imparfait ou gênant, ça faisait partie de la nouvelle sensibilité, ça passait, ça montrait autre chose, quelque chose de vrai passait, contrairement au cinéma officiel où la réalité était ignorée ».
Jonas Mekas, équipé d’une caméra 16mm, réalise de nombreux films qui sont autant de tentatives de capter la sensibilité de son environnement.
Par rapport à ses contemporains, à cette contre-culture new yorkaise dont il fait intimement fait partie, il juge en 1992 au cours d’un entretien dans l’émission Le cercle de Minuit, que le meilleur de la créativité du cinéma underground se trouve dans les années 1960
Une passion et une connaissance encyclopédique du cinéma indépendant qui se traduisent chez Jonas Mekas par un besoin de conservation.
Il ouvre en 1970, à New York, le Anthology Film Archives, qu'il veut comme un espace de projection, de débats, de rencontres, en hommage à cet art qu'il veut vivant. Un espace qu'il compare à la Cinémathèque française pour la richesse de son contenu.
Avec, pour principe, celui « de servir avant tout le cinéma, plus que le spectateur ».